
Fue hasta la década de los 50's que nació el equipo de fútbol, para pelear en la Segunda B (ahora Liga de Ascenso). En 1958 lograron el ascenso a la Primera División y rápidamente se adaptaron al máximo circuito consiguiendo su primer título al vencer al FAS en dos partidos de ida y vuelta 1-1 y 4-1 respectivamente.
Por la filas de Águila han pasado jugadores de la talla de Salvador Rocabruna, Juan Francisco Barraza (también triunfó como técnico), Juan Antonio Merlos, José Ismael "El Cisco" Díaz, Luis Abraham "El Muñeco" Coreas, Luis Baltazar "El Pelé" Zapata, Félix "La Garrobita" Pineda, David Antonio "El Maestro" Pinho Gómez, Joao de Alves Calazans “Zózimo”, entre otros.
Águila ha ganado 15 títulos a nivel nacional, además una Copa de Campeones de la CONCACAF (1976), Copa NORCESA (1964) y Subcampeón Torneo Fraternidad (1973).
Su afición es considerada como "La Mitad +1" ya que en cada lugar del país hay un aguilucho. Águila es el equipo con mayor tradición en el fútbol nacional.